Jak wykonać test Tukey HSD z zespołem ANOVA (pakiet samochodowy)

Wypróbuj

HSD.test

w

agricolae

library(agricolae)

data(sweetpotato)

model<-lm(yield~virus, data=sweetpotato)

comparison <- HSD.test(model,"virus", group=TRUE,

main="Yield of sweetpotato\nDealt with different virus")

Wyjście

Study: Yield of sweetpotato

Dealt with different virusHSD Test for yield Mean Square Error: 22.48917 virus, means yield std.err replication

cc 24.40000 2.084067 3

fc 12.86667 1.246774 3

ff 36.33333 4.233727 3

oo 36.90000 2.482606 3alpha: 0.05 ; Df Error: 8 

Critical Value of Studentized Range: 4.52881 Honestly Significant Difference: 12.39967 Means with the same letter are not significantly different.Groups, Treatments and means

a oo 36.9 

ab ff 36.33333 

 bc cc 24.4 

 c fc 12.86667

Zauważyłem, że

HSD.test ()

jest również bardzo drobiazgowy, jeśli chodzi o to, jak zbudowałeś model

lm ()

lub

aov ()

, którego używasz dla tego.
Nie było danych wyjściowych z

HSD.test ()

z moimi danymi, gdy użyłem następującego pomysłu na kodowanie dla

lm ()

:

model<-lm(sweetpotato$yield ~ sweetpotato$virus) 

 out <- HSD.test(model,"virus", group=TRUE, console=TRUE)

Było tylko jedno wyjście:

Name: virus 

 sweetpotato$virus

Wynik był równie zły, gdy użyliśmy tej samej logiki dla

aov ()

model<-aov(sweetpotato$yield ~ sweetpotato$virus)

Aby uzyskać dane wyjściowe dla

HSD.test ()

lm ()

(lub także w przypadku użycia

aov ()

dla modelu)
należy skonstruować ściśle według logiki przedstawionej w odpowiedzi MYaseen208:

model <- lm(yield~virus, data=sweetpotato)

Mamy nadzieję, że pomoże to komuś nie uzyskać pożądanego wyniku z

HSD.test ()

.

Na wstępie należy zauważyć, że jeśli nie zostało to zmienione, aby uzyskać poprawne wyniki dla sumy kwadratów typu III, należy ustawić kodowanie kontrastu dla zmiennych czynników. Można to zrobić wewnątrz wywołania

lm

lub używając

options

. W poniższym przykładzie zastosowano

opcje

.
Byłbym ostrożny przy używaniu

HSD.test

i podobnych funkcji z niezrównoważonymi konstrukcjami, chyba że dokumentacja dotyczy ich użycia w takich sytuacjach. Dokumentacja

TukeyHSD

wspomina, że ​​jest ona dostosowywana do konstrukcji "lekko niezrównoważonych". Nie wiem, czy

HSD.test

radzi sobie inaczej. Będziesz musiał sprawdzić dodatkową dokumentację pakietu lub oryginalny link dostarczony dla tej funkcji.
Na marginesie, umieszczenie całej funkcji

HSD.test

w nawiasach spowoduje wydrukowanie wyników. Zobacz przykład poniżej.
Ogólnie rzecz biorąc, zalecałbym porzucenie

Tukey.HSD

i podobnych funkcji oraz użycie elastycznych pakietów

emmeans

(née

lsmeans

) lub

multcomp

dla wszystkich potrzeb związanych z porównaniem post hoc.

emmeans

jest szczególnie przydatne do robienia

średnie podziały według interakcji
https://rcompanion.org/rcompanion/d_08.html
albo za

badanie kontrastów między zabiegami
https://rcompanion.org/rcompanion/h_01.html
.[/code]Jeśli projekt jest niezrównoważony, możesz zgłosić E.M. (lub L.S.) zamiast średniej arytmetycznej. Cm
... SAEPER: jakie są wartości najmniejsze kwadratowe?
http://rcompanion.org/handbook/G_05.html... Zauważ, że w poniższym przykładzie wartości graniczne zgłaszane przez

emmeans

różnią się od tych zgłaszanych przez

HSD.test

.
Zauważ również, że „Tukey” w

glht

nie ma nic wspólnego z Tukey HSD lub porównaniami dostosowanymi do tukey; po prostu ustawia kontrasty dla wszystkich testów parami, jak mówi wynik.
Jednak funkcje

adjust = "tukey"

w

emmeans

oznaczają używanie porównań poprawionych przez Tukey, jak wynika z danych wyjściowych.
Poniższy przykład został częściowo zapożyczony z

ARCHBS: One Way Dispersive
https://rcompanion.org/rcompanion/d_05.html
analiza.

if(!require(car)){install.packages("car")}

library(car)

data(mtcars)

mtcars$cyl.f = factor(mtcars$cyl)

mtcars$carb.f = factor(mtcars$carb)options(contrasts = c("contr.sum", "contr.poly"))model = lm(mpg ~ cyl.f + carb.f, data=mtcars)library(car)

Anova(model, type="III")if(!require(agricolae)){install.packages("agricolae")}

library(agricolae)

(HSD.test(model, "cyl")$groups)if(!require(emmeans)){install.packages("emmeans")}

if(!require(multcompView)){install.packages("multcompView")}

library(emmeans)

library(multcompView)marginal = emmeans(model,

 ~ cyl.f)pairs(marginal, adjust="tukey")cld(marginal, adjust="tukey", Letters=letters)

if(!require(multcomp)){install.packages("multcomp")}

library(multcomp)mc = glht(model,

 mcp(cyl.f = "Tukey"))summary(mc, test=adjusted("single-step"))multcomp::cld(mc)

Utknąłem z tym samym problemem co HSD.test bez drukowania czegokolwiek. Musisz umieścić

console = TRUE

wewnątrz funkcji, aby drukować automatycznie.
Na przykład:

HSD.test(alturacrit.anova, "fator", console=TRUE).

Hope it helps!