Wirtualne środowisko w R?


Na przykład znalazłem kilka postów na temat najlepszych praktyk, odtwarzalności i przepływu pracy w R:

Jednym z głównych problemów jest zapewnienie przenośności kodu w tym sensie, że przeniesienie go na nową maszynę (prawdopodobnie z innego systemu operacyjnego) jest stosunkowo łatwe i daje takie same wyniki.
Wywodząc się z języka Python, jestem przyzwyczajony do koncepcji środowiska wirtualnego. W połączeniu z prostą listą wymaganych pakietów zapewnia to w pewnym stopniu, że zainstalowane pakiety i biblioteki są dostępne na każdym komputerze bez żadnych problemów. Oczywiście nie jest to gwarancja - różne systemy operacyjne mają swoje wady i osobliwości - ale pomoże ci to w 95%.
Czy jest coś takiego w R? Nawet jeśli nie jest to takie trudne. Na przykład, po prostu utrzymujesz prostą listę tekstową wymaganych pakietów i skrypt, który zainstaluje wszystkie brakujące?
Zaraz zacznę na poważnie używać R po raz pierwszy, prawdopodobnie w połączeniu ze Sweave, i najlepiej byłoby, gdybyś zaczął jak najlepiej! Dzięki za przemyślenia.
2021-03-02 Dodaj komentarz
Udostępnij to

Nie znaleziono powiązanych wyników

    Zaproszony:
    Anonimowy użytkownik

    Anonimowy użytkownik

    Potwierdzenie od:

    Zamierzam użyć komentarza opublikowanego przez @cboettig, aby rozwiązać ten problem.

    Przestarzała funkcja Plyushkin
    >
    Starsza funkcja Plyushkin to system zarządzania zależnościami dla R. Daje trzy ważne korzyści (wszystkie koncentrują się na Twoich potrzebach w zakresie przenoszenia)
    • W trybie piaskownicy: Zainstalowanie nowego lub zaktualizowanego pakietu dla jednego projektu nie zepsuje innych projektów i odwrotnie. Dzieje się tak, ponieważ packrat zapewnia każdemu projektowi własną bibliotekę pakietów.
    • Przenośność: łatwe przenoszenie projektów z jednego komputera na inny, nawet na różne platformy. Packrat ułatwia instalowanie pakietów, od których zależy Twój projekt.
    • Powtarzalność: Packrat rejestruje dokładne wersje pakietów, na których polegasz, i zapewnia, że ​​te wersje są instalowane w dowolnym miejscu.


    Co dalej?
    >


    Aktualizacja:

    Przestarzałą funkcją Plyushkina było

    miękko usuwane
    https://github.com/rstudio/packrat#note
    i wymieniony

    renv
    https://github.com/rstudio/renv
    więc możesz zamiast tego sprawdzić ten pakiet.
    2021-03-02 0 0
    Udostępnij to
    Anonimowy użytkownik

    Anonimowy użytkownik

    Potwierdzenie od:

    Menedżer pakietów Anaconda
    conda

    wspiera tworzenie środowisk
    https://docs.anaconda.com/anac ... guage
    R .
    conda create -n r-environment r-essentials r-base
    
conda activate r-environment

    Mam duże doświadczenie w używaniu
    conda
    do obsługi różnych instalacji Pythona, zarówno dla konkretnego użytkownika, jak i wielu wersji dla tego samego użytkownika. Przetestowałem R z
    conda
    i
    jupyter-notebook
    i działa świetnie. Przynajmniej na moje potrzeby, co obejmuje analizę sekwencjonowania RNA przy użyciu
    DEseq2
    i powiązanych pakietów, a także
    data.table
    i
    dplyr
    . Istnieje wiele pakietów bioprzewodników dostępnych w
    conda
    via

    bioconda
    https://bioconda.github.io/
    i sądząc po komentarzach do

    ten przypadek
    https://coderoad.ru/34705917/
    Tak więc wygląda na to, że
    install.packages ()
    również może działać.
    2021-03-02 0 0
    Udostępnij to
    Anonimowy użytkownik

    Anonimowy użytkownik

    Potwierdzenie od:

    Wygląda na to, że jest inna opcja od twórców RStudio,

    renv
    https://blog.rstudio.com/2019/ ... r/... Jest dostępny w CRAN i zastępuje Packrat.
    Krótko mówiąc, używasz
    renv :: init ()
    do zainicjowania biblioteki projektu i
    renv :: snapshot ()
    /
    renv :: restore ()
    aby zapisać i załadować stan swojej biblioteki.
    Wolę ten wariant środowiska conda r-enviroments, ponieważ wszystko jest przechowywane w pliku
    renv.lock
    , który można zatwierdzić w pliku repozytorium Git i przekazać zespołowi.
    2021-03-02 0 0
    Udostępnij to
    Anonimowy użytkownik

    Anonimowy użytkownik

    Potwierdzenie od:

    Sprawdź roveR, rozwiązanie do zarządzania kontenerami R.

    https://www.slideshare.net/Dav ... ction
    https://www.slideshare.net/Dav ... ction
    w szczególności slajd 12.
    Aby zainstalować roveR, uruchom następujące polecenie w R: 
    install.packages("rover", repos = c("[url=https://lair.functionalfinances.com/repos/shared"]https://lair.functionalfinance ... ot%3B[/url], "[url=https://lair.functionalfinances.com/repos/cran"]https://lair.functionalfinance ... 6quot[/url];))

    Aby w pełni wykorzystać możliwości roveR (w tym zainstalować niektóre wersje pakietów w celu zapewnienia powtarzalności), będziesz potrzebować dostępu do laiR - w przypadku CRAN możesz skorzystać z naszej instancji laiR pod adresem

    https://lair.ownr.io
    https://lair.ownr.io, potrzebujesz licencji LaiR, aby pobierać własne pakiety i udostępniać je swojej organizacji. W powyższej prezentacji możesz skontaktować się z nami mailowo.
    2021-03-02 0 0
    Udostępnij to
    Anonimowy użytkownik

    Anonimowy użytkownik

    Potwierdzenie od:

    Aby dodać do tego:
    Uwaga:
    1. Anaconda już go zainstalowała
    2. Załóżmy, że twój katalog roboczy to „C:”
    Aby utworzyć żądane środowisko - & > „r_environment_name” 
    C:\>conda create -n "r_environment_name" r-essentials r-base

    Aby zobaczyć dostępne środowiska 
    C:\>conda info --envs

    ......
    Aby aktywować środowisko 
    C:\>conda activate "r_environment_name"(r_environment_name) C:\>

    Uruchom notatnik Jupyter i pozwól imprezie się rozpocząć 
    (r_environment_name) C:\> jupyter notebook

    W przypadku podobnych plików „Requirements.txt” może ten link pomoże - & >

    czy jest coś takiego jak Requirements.txt dla R?
    https://coderoad.ru/38928326/
    2021-03-02 0 0
    Udostępnij to
    Anonimowy użytkownik

    Anonimowy użytkownik

    Potwierdzenie od:

    Jeśli chcesz tylko sprawdzić, czy Twój kod działa na alternatywnych instalacjach, polecam przetestowanie przez chmurę rstudio, która jest darmowa, przynajmniej na razie.
    2021-03-02 0 0
    Udostępnij to
    Dlaczego jest złożony? 0 odpowiedzi zostało zwiniętych

    Aby odpowiedzieć na pytania, Zaloguj się lub Zarejestruj się

    Polityka prywatności: https://zweryfikowac.pl/Polityka-prywatnosci.pdf
    Copyright © 2023, All Rights Reserved