Kiedy odkomentować root serwera w konfiguracji Apache?

Miałem serwer zaktualizowany z Debian 8 do Debian 9 i mam dziwne lub różne zachowania związane z hostowaną witryną i aplikacjami. Przeglądam różne pliki konfiguracyjne i różnice między nimi przed i po aktualizacji. Moja firma hostingowa zaktualizowała skrypt i uważam, że używała domyślnych ustawień dla wszystkich różnych plików. Spędziłem trochę czasu na ulepszaniu serwera, ale nie mam już dostępu do większości moich notatek dotyczących tych zadań. Uważam, że muszę ponownie wprowadzić kilka drobnych poprawek (i wiele dzienników wyszukiwania Google).
Moje pytanie jest takie: kiedy wskazane jest odkomentowanie katalogu głównego serwera Apache

/etc/apache2/apache2.conf

     

?
Przed aktualizacją nie było to komentowane, teraz jest. Podziękować.
Edycja: używam dedykowanego VPS ze skonfigurowanymi wieloma plikami vhost.