Jak mogę kontynuować rozwiązywanie problemów z tym spowolnieniem mysql?

Mam serwer, na którym wystąpiło niewyjaśnione poważne spowolnienie przez ponad 12 godzin, po czym całkowicie się zregenerował. Na tym serwerze działa mysql 5.5, redis, mongodb i apache http na CentOS 5.4 z dużą ilością pamięci.
Podczas spowolnienia najbardziej ucierpiała usługa mysql, której wykonanie prostego zapytania zajmuje 2 minuty, które zwykle zajmuje mniej niż sekundę. Po zakończeniu zwalniania żądanie zostanie ponownie wykonane normalnie w ciągu sekundy. Wpływ na wszystkie inne usługi był minimalny.
Przeprowadziłem standardowe testy na mysql:

• Pokaż pełną listę procesów
• Wyjaśnione wnioski
• Zarejestrowane powolne żądania
• Przeanalizowane i zoptymalizowane tabele
• Sprawdzono użycie procesora i pamięci serwera
• Sprawdzone stany oczekiwania we/wy
• Przetestowano czas dostępu do dysku twardego
• Przetestowano drugą instancję mysql skompilowaną od podstaw (nieudana, powolna)
• MySQL uruchomił się ponownie
• Uruchom ponownie CentOS

Żaden z tych testów nie wykazał niczego niezwykłego, chociaż mysql wykazał wykorzystanie do 500% procesora z 12 rdzeni.
Proste zapytanie SQL zawierało jedno połączenie. Jeśli usunąłem połączenie, oświadczenie zaczęło się natychmiast.
Czuję, że takie niewidoczne i niemożliwe do namierzenia spowolnienie powinno wskazywać, że rdzeń jest uszkodzony.
Co jeszcze mogę zbadać, aby znaleźć przyczynę? Ponieważ jest to drugi przypadek wystąpienia tego problemu na tym serwerze.